Anthropic Dùng Claude Điều Phối Cả Chuỗi Thiết Kế Protein, Báo Cáo Thử Nghiệm Bước Đầu

Hai thí nghiệm do Anthropic công bố dùng các model Claude (Mythos Preview và Opus 4.8) để thiết kế minibinder, tức protein nhỏ khóa chặt lên protein mục tiêu. Công ty gọi việc thiết kế này là de novo design, và vẫn cần loạt quyết định chuyên gia cùng điều phối phần mềm và tài nguyên tính toán.

Hai model thiết kế binder cho 16 protein mục tiêu; 15 mục tiêu cho ra kết quả đo lường hữu dụng và Claude thành công với 14/15 mục tiêu đó. Trong tổng số 1.320 thiết kế được thử nghiệm trong phòng thí nghiệm, 354 thiết kế thực sự bám vào mục tiêu, tương đương tỉ lệ 26.8%.

Nếu chỉ xét những thiết kế mà Claude xếp hạng số một, tỉ lệ thành công là 49%. Ở chế độ nhiều mục tiêu chạy đồng thời trong 48 giờ, tỉ lệ đạt 26.7% với Mythos Preview và 22.6% với Opus 4.8. Khi Mythos Preview xử lý từng mục tiêu riêng lẻ, tỉ lệ lên 35.1% nhưng tiêu tốn 2.8 lần ngân sách tính toán trên mỗi mục tiêu.

Anthropic so sánh những con số này với phạm vi chuẩn ngành hiện nay là 10–15%, lấy từ các chiến dịch được công bố trong cơ sở dữ liệu proteinbase.com. Công ty lưu ý rằng yếu tố tập trung và ngân sách tính toán không thể tách rời trong các kết quả trên.

Anthropic không xây model protein riêng; Claude cài và chạy phần mềm chuyên ngành mã nguồn mở mà lĩnh vực đang dùng. Các backbone không gian của protein được lấy từ PXDesign, RFdiffusion3, Genie 3, FreeBindCraft, BoltzGen, RFdiffusion và Proteina-Complexa, còn chuỗi axit amin chủ yếu do SolubleMPNN (biến thể của ProteinMPNN) tính toán.

Để lọc và xếp hạng ứng viên, Claude dùng hỗn hợp ESMFold2, ESMFold2-Fast và Protenix v2; AlphaFold-3 weights, Rosetta và ESM3 bị loại vì lý do bản quyền. Thiết lập chạy theo một prompt giao thức dài khoảng 16.000 từ, trong đó một phần ba là hướng dẫn khoa học và danh sách đọc, còn hai phần ba điều phối lịch, phân chia nhiệm vụ cho các tiểu agent, xác minh và kỷ luật ngân sách. Prompt không chỉ định vị trí cụ thể trên bề mặt protein để tấn công (epitope) cho bất kỳ mục tiêu nào.

Ngân sách tính toán là 50.000 đô la cho mỗi chiến dịch nhiều mục tiêu và 10.000 đô la cho mỗi mục tiêu đơn, chạy qua nhà cung cấp cloud Modal. Các mục tiêu do con người chọn và một đánh giá độc lập về kết quả vẫn đang chờ thực hiện.